در رأس هر یک از بخش های سیزده گانه وزارت خارجه، یکی از معاونان مدیر کل قرار دارد. این بخش ها عبارتند از:
1) بخش خاورمیانه که وظیفه اصلی آن رسیدگی به روابط اسرائیل و اعراب، و از جمله سرپرستی مذاکرات چند جانبه با کشورهای عرب است. این بخش، خود به چند اداره تقسیم می شود که رسیدگی امور اسرائیل با کشورهای مختلف عربی و یا سازمان های مربوطه را به عهده دارند و عبارتند از اداره های: اردن، کشورهای آفریقائی شمالی، سوریه و لبنان، حوزه خلیج فارس، مصر، امور فلسطینی، امور اورشلیم، طرح های خاورمیانه، همکاری های چند جانبه.
2) بخش آمریکای شمالی مسوؤل روابط اسرائیل با ایالات متحده و کانادا
3) بخش اروپای غربی شامل سه قسمت است:
- اداره اروپای یک به روابط اسرائیل با آلمان، ایتالیا، بلژیک، هلند، لوگزامبورگ، بریتانیا، ایرلند، فرانسه، اسپانیا و پرتقال رسیدگی می کند.
- اداره اروپای دو روابط اسرائیل با ترکیه، قبرس، یونان، مالت، سوئد، دانمارک، نروژ، سوئیس، ایسلند و فنلاند را سرپرستی می کند.
- اداره اروپای سه مسوؤل روابط اسرائیل با سازمان های اروپائی، ناتو، شورای اروپا، اتحادیه اروپا و غیره است.
4) بخش اروپای مرکزی و شرقی که خود به دو اداره تقسیم می شود.
5) بخش آسیا و اوقیانوس آرام دارای سه اداره است:
- اداره اول که روابط اسرائیل با کشورهای جنوب شرق آسیا (هند، نپال، میانمار، تایلند، ویتنام، سنگاپور، فیلیپن، لائوس، کامبوج، سری لانکا، جزایر مالدیو، اندونزی، مالزی، بنگلادش و پاکستان) را زیر سرپرستی دارد.
- اداره دوم که به روابط اسرائیل با کشورهای شمال شرق آسیا (چین، ژاپن، مغولستان و کره جنوبی) رسیدگی می کند.
- اداره سوم که مسؤولیت روابط اسرائیل با کشورهای قاره اوقیانوسیه (استرالیا، زلاند نو و جزایر اوقیانوس آرام) را بعهده دارد.
6) بخش آفریقا خود به دو اداره تقسیم می شود که عبارتند از:
- اداره یک آفریقا، مسؤول روابط اسرائیل با کشورهای آفریقای شمالی (تونس، مراکش، موریتانیا و غیره)، ساحل عاج، کامرون، اتیوپی، کنیا، اریتره، نیجریه، زائر، کنگو برازاویل و تانزانیا.
- اداره دو آفریقا روابط اسرائیل با آفریقای جنوبی، سوازیلند، نامیبیا، نوتسوانا، انگولا، زامبیا، مالاوی، موزامبیک، جزایر موریس و ماداگاسکار را سرپرستی می کند.
7) بخش آمریکای مرکزی و جنوبی که روابط اسرائیل با کشورهای آمریکای لاتین را اداره می کند و خود دارای دو اداره است. اداره مربوط به آمریکای مرکزی، رسیدگی به کشورهای جزایر کارائیب را نیز به عهده دارد.
8) بخش سازمان های بین المللی مسوؤلیت روابط اسرائیل با تشکلات جهانی را به عهده دارد و خود به سه اداره تقسیم می شود که عبارتند از:
- اداره اول، شامل سازمان های بین المللی، سازمان جهانی کار، سازمان جهانی بهداشت، سازمان علمی و فرهنگی یونسکو (وابسته به سازمان ملل)، سازمان جهانی مهاجرت، سازمان های جهانگردی، سازمان رسیدگی به امور پناهندگان، سازمان جهانی حمایت از کودکان (یونیسف) و کمیسیون سوم سازمان ملل.
- اداره دوم به امور سیاسی اسرائیل در مجمع عمومی سازمان ملل و کمیسیون های آن، شورای امنیت، روابط اسرائیل و سازمان ملل، نیروهای پاسدار صلح، سازمان رسیدگی به امور آوارگان عرب (UNRWA) ، صلیب سرخ جهانی، نیروهای ویژه اعزامی از جانب سازمان ملل (UNDP) و سازمان اسیران جنگی و ناپدید شدگان رسیدگی می کند.
- اداره سوم به روابط اسرائیل با سازمان های کشورهای جهان سوم، سازمانهای اقتصادی، تشکلات (UNIDO) و (UNCTO)، سازمان های غیردولتی، تشکلات حمایت از حقوق انسانی، کمیسیون حقوق بشر سازمان ملل و دیگر سازمان های حمایت از حقوق انسانها را می پردازد.
9) بخش امور اقتصادی از چهار اداره تشکیل شده که عبارتند از:
- اداره اول برای رسیدگی به امور اقتصادی اسرائیل با کشورهای آفریقا، آسیا، آمریکای لاتین، قبرس، ترکیه، مصر و همچنین امور هوا نوردی و کشتیرانی برپا شده است.
- اداره دوم به امور اقتصادی اسرائیل با کشورهای اروپای غربی می پردازد.
- اداره سوم امور اقتصادی اسرائیل با کشورهای اروپای شرقی و همچنین مسائل نفت و تحریم های اقتصادی عربی علیه اسرائیل را اداره می کند.
- اداره چهارم به امور اقتصادی اسرائیل با کشورهای خاورمیانه می پردازد.
10) بخش همکاری های بین المللی (MASHAV) که دارای چهار اداره است که عبارتند از: مدیریت و بودجه، کارآموزی کشورهای خارجی، طرح های همکاری با کشورهای خارجی، برنامه ریزی و روابط خارجی.
پیرامون این بخش به طور جداگانه توضیحاتی داده شده که می توانید به آن مراجعه کنید.
11) بخش اطلاعات و رسانه های همگانی که شش اداره را در برمی گیرد و عبارتند از:
- اداره اطلاعات، رسانه ها و روابط عمومی (وسائل سمعی و بصری، تهیه و انتشار، پروژه های ویژه).
- اداره اطلاعات و اینترنت (گردآوری اطلاعات و اخبار و ارسال فوری آن برای خبرنگاران داخلی و خارجی در اسرائیل و نمایندگی های سیاسی اسرائیل در کشورهای خارجی).
- اداره مطبوعات (روابط اسرائیل با مطبوعات خارجی و کمک رسانی به خبرنگاران خارجی که برای تهیه گزارش به اسرائیل آمده اند)
- اداره سخنگوی وزارت خارجه.
- اداره روابط خارجی (مسؤول رسیدگی به خواسته های عمومی، انجمن های دوستی، شوراهای محلی، شهرداری ها و غیره).
- اداره مدیریت.
- اداره بودجه.
12) بخش فرهنگی و علمی که دربرگیرنده چهار اداره است که عبارتند از:
یک) اداره همکاری های فرهنگی و علوم،
دو) اداره هنر و ادبیات (یاری رسانی به ترویج فرهنگ اسرائیل، پیشبرد ادبیات، تهیه فیلم، تنظیم برنامه های رقص و باله، موسیقی، تئاتر، هنرهای پلاستیک و کمک به شرکت در جشنواره های بین المللی) وشاخه همکاری های فرهنگی اسرائیل با کشورهای اسپانیائی زبان.
سه) اداره مدیریت.
چهار) اداره بودجه.
13) بخش پژوهش های سیاسی که از چندین اداره مجزا تشکیل شده است.
اداره حقوقی وزارت خارجه شامل دفتر قوانین دیپلماتیک و اداری، دفتر قراردادها، دفتر قوانین بین المللی، دفتر قوانین اقتصادی، دفتر قوانین عمومی و دفتر امور کنسولی است.
اداره بازرسی کل دربرگیرنده بخش های زیر است:
بخش امور اداری، شامل هفت دفتر که دارای 23 قسمت مختلف هستند.
بخش امنیت خدمات خارجی، (شامل قسمت های مربوط به مدیریت و سازمان، عملیات، و بودجه امنیتی است)
بخش مالی (مسؤول پرداخت حقوق کارمندان و نمایندگان وزارت خارجه در ممالک خارجی، حسابداری، امور حسابداری در کشورهای خارجی، و شرائط خدمت است).
بخش نیروی انسانی (مسؤول امور اداری کارمندان وزارت خارجه در داخل و خارج کشور است).
بخش اموال و مدیریت خدمات (برای رسیدگی به اموال اسرائیل در خارج، پست و نامه رسانی دیپلماتیک، حمل و نقل، نگاهداری و تأمین نیازها).
بخش امور رفاهی به مسائل رفاهی کارمندان وزارت خارجه و مأموران آن در خارج از کشور رسیدگی می کند.
بخش خدمات تکنولوژی و ارتباطات به امور مربوط به اطلاع رسانی، ارتباطات تکنولوژی و آرشیو اطلاعات رسیدگی می کند و دارای اداراتی نیز برای مدیریت و بودجه است.
بخش مدیریت بودجه